GEDKeeper permite almacenar y cargar archivos GEDCOM cifrados. El estándar GEDCOM no admite el cifrado, por lo que GEDKeeper tiene su propia implementación de cifrado de archivos.
Al guardar una base de datos, debe elegir "Archivos GEDCOM encriptados de GEDKeeper (*.geds)" como formato de archivo de destino. Los archivos de este formato tienen una extensión ".geds". Una vez seleccionado el formato de archivo e introducido un nombre de archivo, se le pedirá que introduzca una contraseña. Cuando cargue un archivo cifrado, seleccione el formato de archivo cifrado e introduzca la contraseña cuando se le solicite. Nota: las contraseñas distinguen entre mayúsculas y minúsculas.
Atención: GEDKeeper utiliza un método de encriptación criptográficamente seguro y, siguiendo las "mejores prácticas de seguridad", no almacena la contraseña dentro de un archivo encriptado. Por lo tanto, si olvida o pierde su contraseña, nadie (incluido el autor de GEDKeeper) podrá abrir su archivo de base de datos. Ten cuidado e introduce tu contraseña con cautela. Cualquier símbolo añadido inadvertidamente puede ser causa de pérdida de tu archivo.
Actualmente, GEDKeeper utiliza el algoritmo "AES" para el cifrado y "SHA-1" para la firma.
Las siguientes funciones se aplazan para un futuro desarrollo: elección del método de cifrado, solicitud de la contraseña sólo una vez para el mismo archivo y adición de un campo de repetición de la contraseña cuando se guarda un archivo por primera vez (para evitar errores tipográficos en la contraseña).